Осуществляют снятие над- и поддесневых отложений с помощью различных инструментов. Их разделяют на ручные и электромеханические. К ручным относятся: серповидные скейлеры, универсальные и зоноспецифические (кюреты Грейси), мотыги, рашпили, долота. К электромеханическим инструментам относят: низкочастотные скейлеры (пневматические), работающие в частоте 1500— 7000 Гц, магнетострикторные ультразвуковые скейлеры в частоте 25 000—30 000 Гц и пьезоэлектрические ультразвуковые скейлеры в частоте 40 000—60 000 Гц.
Обработку поверхности корня осуществляют с помощью вращающихся финироподобных шестиугольных боров или алмазных инструментов мелкой зернистости, используемых в угловом наконечнике, а также инструментами для угловых наконечников системы «Eva System» (Periotor).
Следующий важнейший этап — это выявление и устранение местных факторов, способствующих накоплению зубного налета и нарушению трофики тканей. К таким факторам могут относиться кариозные полости, в первую очередь пришеечные и расположенные на апроксимальных поверхностях нависающие края пломб, неполноценные ортопедические конструкции, в том числе широкие искусственные коронки, короткие уздечки губ и языка, мелкое преддверие полости рта.
Все этапы профессиональной гигиены сопровождаются обработкой пародонтальных карманов антисептиками или, в случае гнойной экссудации, антибактериальными препаратами.
Практически нереальным является снятие зубных над- и поддесневых отложений в одно посещение с зубов верхней и нижней челюсти. Такой вариант вероятен только при значительной частичной адентии, поэтому важным является кратность сеансов профессиональной гигиены. Чаще обработку разбивают на 2—4 посещения.